Cải cách hành chính đóng vai trò rất quan trọng trong việc nâng cao hiệu lực, hiệu quả hoạt động của quốc gia, đảm bảo tính pháp lý, hiệu quả, công khai, minh bạch trong giải quyết các thủ tục hành chính. Cải cách hành chính là nhiệm vụ chung của cả hệ thống chính trị, của các bộ, cơ quan ban ngành.
Công tác Cải cách hành chính được xem là nhiệm vụ trọng tâm, lâu dài, xuyên suốt của Kho bạc Nhà nước(KBNN) Vạn Ninh, là một trong những nhiệm vụ chính yếu trên lộ trình thực hiện mục tiêu hoàn thiện Kho bạc số
Để cải cách hành chính mang đến nhiều thuận lợi cho khách hàng, KBNN Vạn Ninh đã nhanh chóng triển khai ứng dụng các chương trình thanh toán hiện đại trong quản lý ngân sách nhà nước, tạo mọi điều kiện thuận lợi cho tổ chức, cá nhân, đơn vị sử dụng ngân sách: 
Mở rộng phối hợp thu với các ngân hàng thương mại: Hiện nay, KBNN Vạn Ninh có ủy nhiệm thu với 4 ngân hàng trên địa bàn huyện là Ngân hàng Agribank, Vietcombank, LienVietPostBank, SHB. Thông qua hệ thống tài khoản chuyên thu của KBNN tại các ngân hàng mà KBNN Vạn Ninh có ủy nhiệm thu, toàn bộ khoản thu ngân sách qua ngân hàng sẽ được ghi nhận trực tiếp vào hệ thống các tài khoản chuyên thu của Kho bạc tại ngân hàng, bảo đảm tập trung kịp thời các nguồn thu vào ngân sách nhà nước; thông tin về các khoản thu cũng được cập nhật đồng thời sang cơ quanThuế, một cách nhanh chóng, an toàn. Bên cạnh đó, các tổ chức, cá nhân khi nộp thuế cũng sẽ được tiếp cận với nhiều hình thức nộp thuế hiện đại, linh hoạt, giảm thời gian chờ đợi, các thủ tục, giấy tờ như trước đây.
Chuyển đổi chương trình quản lý thanh toán vốn đầu tư (ĐTKB-GD) thành công: Hệ thống ĐTKB- GD gắn với quy trình liên thông sang Tabmis và hệ thống thanh toán đã giúp giảm tải một phần lớn số lượng công việc cho công chức do không phải nhập thủ công trên nhiều chương trình ( trước đây công chức vừa phải nhập trên Tabmis vưà phải nhập trên chương trình kiểm soát thanh toán vốn đầu tư ĐTKB- LAN) và tổng hợp báo cáo, thông qua Hệ thống ĐTKB- GD, các dữ liệu giải ngân vốn đầu tư  được đồng bộ sang Chương trình tổng hợp báo cáo KBNN huyện, KBNN tỉnh và được đồng bộ lên trên hệ thống  đã giúp cho KBNN các cấp truy cập khai thác số liệu một cách chủ động tại mọi thời điểm. 
Duy trì, cải tiến Hệ thống quản lý chất lượng theo Tiêu chuẩn quốc gia TCVN ISO 9001:2015:  Với đích đến là “Kho bạc số, xây dựng nền hành chính phục vụ, lấy khách hàng làm trung tâm”,  KBNN Vạn Ninh đã  xây dựng và áp dụng Hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn quốc gia TCVN ISO 9001:2015. Việc áp dụng hệ thống quản lý chất lượng này đã hỗ trợ cho việc công khai minh bạch các thủ tục hành chính, các loại hồ sơ cần thiết, quy trình tiếp nhận, giải quyết, hoàn trả  các khoản thu, chi ngân sách nhà nước... Công chức nắm rõ quy trình, giải quyết công việc thông suốt, mang lại hiệu quả cao.  Đồng thời,công tác quản lý hồ sơ, tài liệu quan trọng tại đơn vị được đảm bảo đầy đủ, đúng quy định.
Công khai minh bạch các thủ tục hành chính:  KBNN Vạn Ninh công khai đầy đủ 11 quy trình thủ tục hành chính  trên bảng niêm yết thủ tục hành chính tại đơn vị và trên Trang thông tin điện tử UBND huyện Vạn Ninh, chuyên mục Kho bạc Nhà nước Vạn Ninh, điều này giúp cho các chủ đầu tư, đơn vị sử dụng ngân sách, các tổ chức, cá nhân dễ dàng tiếp cận, nắm rõ các thủ tục, mẫu biểu cần thiết khi đến liên hệ công việc với KBNN Vạn Ninh
Cùng với hệ thống KBNN nói chung, KBNN Khánh Hòa nói riêng, đến thời điểm này trên địa bàn huyện Vạn Ninh 100%  đơn vị sử dụng ngân sách tham gia dịch vụ công trực tuyến. Tính đến hết tháng 9 năm 2022 tổng chứng từ chi qua Dịch vụ công trực tuyến là 24.969 hồ sơ, trung bình mỗi tháng đơn vị xử lý thành công 2.774 hồ sơ. Hiện nay, tại KBNN Vạn Ninh không còn thực hiện thu chi bằng tiền mặt qua hệ thống kho bạc, 100% hoạt động thu chi được thực hiện qua các ngân hàng thương mại mà KBNN Vạn Ninh đã ủy quyền.
Ngoài thực hiện tốt công tác hiện đại hóa hoạt động nghiệp vụ, KBNN Vạn Ninh luôn chú trọng công tác quản lý cán bộ, công chức, về cải cách chế độ công vụ:
Thực hiện rà soát công tác quy hoạch lãnh đạo và tham mưu cho lãnh đạo cấp trên theo đúng quy định. Phân công công việc cho công chức theo đúng đề án chuyển đổi vị trí việc làm đã được phê duyệt
Chất lượng đội ngũ công chức ngày càng được nâng cao, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ: 100%  công chức KBNN Vạn Ninh đáp ứng trình độ chuyên môn, yêu cầu vị trí công việc được giao. Lãnh đạo KBNN Vạn Ninh luôn quan tâm đến công tác đào tạo, bồi dưỡng nâng cao năng lực, khả năng đáp ứng linh hoạt các vị trị việc làm của từng công chức. Thường xuyên cử công chức tham gia các khóa đào tạo, bồi dưỡng do Bộ Tài Chính, KBNN, các sở ban ngành tổ chức.
Kỷ luật, kỷ cương trong cơ quan được tăng cường; đề cao trách nhiệm người đứng đầu và tinh thần phục vụ người dân, tổ chức của toàn thể công chức. Thực hiện nghiêm Bộ Quy tắc ứng xử của công chức, viên chức, người làm việc theo chế độ hợp đồng tại các đơn vị thuộc và trực thuộc do Tổng Giám đốc Kho bạc Nhà nước ban hành, lấy sự hài lòng của khách hàng là một trong những thước đo đánh giá hoàn thành chức trách, nhiệm vụ được giao.
Thời gian tới, KBNN Vạn Ninh tiếp tục triển khai thực hiện các giải pháp hướng tới mục tiêu hoàn thiện kho bạc số, lấy khách hàng làm trung tâm, nâng cao chất lượng phục vụ, hướng  tới xây dựng hệ thống kho bạc hiện đại, tinh gọn, hoạt động hiệu quả; nâng cao chất lượng dịch vụ kho bạc, góp phần xây dựng nền hành chính phục vụ.

Kho bạc Nhà nước huyện